Ab der NextCloud Version 5.x.x gibt es unter Verwaltung – Übersicht eine Fehlermeldung die sich relativ einfach beheben lässt. Egal ob man Hosted Server oder dedicated. 
Die Fehlermeldungen lauten:

• In der Datenbank fehlen einige Indizes. Auf Grund der Tatsache, dass das Hinzufügen von Indizes in großen Tabellen einige Zeit in Anspruch nehmen kann, wurden diese nicht automatisch erzeugt. Durch das Ausführen von “occ db:add-missing-indices” können die fehlenden Indizes manuell hinzugefügt werden, während die Instanz weiter läuft. Nachdem die Indizes hinzugefügt wurden, sind Anfragen auf die Tabellen normalerweise schneller.
  • Fehlender Index “parent_index” in der Tabelle “oc_share”.
  • Fehlender Index “owner_index” in der Tabelle “oc_share”.
  • Fehlender Index “initiator_index” in der Tabelle “oc_share”.
  • Fehlender Index “fs_mtime” in der Tabelle “oc_filecache”.

• Bei einigen Spalten in der Datenbank fehlt eine Konvertierung in big int. Aufgrund der Tatsache, dass das Ändern von Spaltentypen bei großen Tabellen einige Zeit dauern kann, wurden sie nicht automatisch geändert. Durch Ausführen von “occ db:convert-filecache-bigint” können diese ausstehenden Änderungen manuell übernommen werden. Diese Operation muss ausgeführt werden, während die Instanz offline ist. Weitere Einzelheiten findest Du auf der zugehörigen Dokumentationsseite.
  • filecache.mtime
  • filecache.storage_mtime

Hier gibt es nun zwei Ansätze, wenn man im Besitz eine dedicated Root-Servers ist – kann man via SSH im Normalfall den Befehl:
./ooc db:add-missing-indices ausführen…. Ich habe jedoch nur folgende Fehlermeldung beim ausführen erhalten: ./occ: Permission denied.
Eine weitaus smartere Lösung ist es jedoch gerade wenn man bei einem Webhoster ist wie INOS oder STRATO:

• Installiert das NextCloud Plugin: OCC Web https://apps.nextcloud.com/apps/occweb
  Hier könnt ihr nun die Befehle ohne Fehlermeldungen ausführen:
• db:add-missing-indices
• db:convert-filecache-bigint