Es gibt zwei Wege die Sicherheit des IIS zu erhören, einmal mit vielen RegKeys oder mit der kleinem Tool von Nartac Software IIS Crypto: https://www.nartac.com/Products/IISCrypto 
Mit diesem Tool ist es schnell und effizient möglich dem IIS unsichere Protokolle abzugewöhnen.

• Klicken Sie einmal, um Ihre Website mithilfe von Best Practices zu sichern
• Sichern Sie die Registrierung, bevor Sie Aktualisierungen vornehmen
• Ändern Sie die erweiterten Registrierungseinstellungen
• Integrierte Best Practices, PCI 3.2-, Strict- und FIPS 140-2-Vorlagen
• Erstellen Sie benutzerdefinierte Vorlagen, die gespeichert und auf mehreren Servern ausgeführt werden können
• Kehren Sie zu den Standardeinstellungen des ursprünglichen Servers zurück
• Stoppen Sie DROWN-, Logjam-, FREAK-, POODLE- und BEAST-Angriffe
• Aktivieren Sie TLS 1.1 und 1.2/1.3
• Vorwärtsgeheimnis aktivieren
• Chiffresuiten neu anordnen
• Deaktivieren Sie schwache Protokolle und Chiffren wie SSL 2.0, 3.0, MD5 und 3DES
• Site Scanner zum Testen Ihrer Konfiguration
• Befehlszeilenversion

Über folgenden SSL-Test kann man die Arbeiten kontrollieren: 
https://www.ssllabs.com/ssltest/